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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出多方面的怪物生物，涉及到抗癌症和抗病力毒帮助。一般性，三萜是使用甲羟戊酸方法人工的，并从当然苔藓植物和细菌中拆分。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表文章了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的设计方案文献资料。该设计方案察觉到三萜类单质灵芝粉粉酸（GA）是确认液态物质锻炼的无柄灵芝粉粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微生物工程生成生产的。进行转录组和核氨基酸组学系统进步骤探秘无柄虫草菌丝体中DHT生产俩种虫草酸（GA）的体制，并利用两组学系统检查到的区别什么是基因和区别核淀粉酶，预测出DHT 微生物工程镶嵌 GA 的渠道。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和作用细分

能够对无柄灵芝粉白色念珠菌菌丝体开始转录组测序共得以67230个转录本和1429七个单什么是什么是基因遗传。在这类单什么是什么是基因遗传中，492被签定为不一致性表答什么是什么是基因遗传（DEGs），这当中213个表答上浮，279个表答再降（图1A）。GO生物工程生物含有探讨后，DEGs以分成生物工程阶段（BP）、体上皮细胞基本成分（CC）和原子核功能性（MF）3类。在BP类目中，现身了前八个子类目：抗生素类阐述排泄阶段，冰醋酸盐排泄阶段和甲酸盐排泄阶段;而在CC类目中，体上皮细胞外区、突触黏结体、突触组成是前八个亚类。相对MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）生物、氧化物还原成酶生物和酸氨（或酰胺）相连接酶生物是前八个亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG径路探讨中，前30条生物工程生物含有度最快的径路中含27条归属排泄，这当中二氧化氮排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄警报径路有效生物工程生物含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和性能总类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄野生灵芝病菌菌丝体做好核膳食纤维组学深入分折，大概认定了16,457种与众不同肽、2606种核膳食纤维和2588种按量核膳食纤维。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立环境下，这里2606种核膳食纤维中，94种被鉴别为对比传达核淀粉酶（DEPs），在这之中52种上涨，42种降低（图2A），图2C体现了对比传达核淀粉酶的聚类算法深入分折热图。从GO深入分折来谈，BP品目体现，基本数DEPs参加冰醋酸盐消化吸收期间、抗菌药转化消化吸收期间和口服药物转化消化吸收期间。CC类DEPs在肿瘤細胞外区、过钝化物酶体和微体中占有比率很高，钝化复原酶微动物和甲酸脱氢酶（NAD）微动物在MF类中DEPs的比例表很高（图2B）。与转录组然而相类似，KEGG径路深入分折体现，诸多DEPs在消化吸收中微动物含有，在这之中3条最微动物含有的路经是光合微动物中的碳稳固、碳消化吸收和MAPK手机信号径路（图2D）。凡此种种，在深入分折GO信息库的CC对DEPs做好亚肿瘤細胞地位深入分折和批注（图2E），DEPs重要生长在肿瘤細胞质（40.66%）、肿瘤細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），按理来说上是GAs微动物自动合成的重要地方。

图2|蛋白酶质组的参考值浅析和作用手机验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物导出和對照组获选DEGs和DEPs建设了维恩图，有20个差别的表明表观遗传（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组公有的DEGs/DEPs参与聚类研究法研究，察觉到mRNA和蛋清质之中有13个上涨表观遗传和3个降低表观遗传，DEGs和它译员的DEPs表明平均水平呈正相应的，源于Pearson的相应的指数研究，在转录组和蛋清质组之中测量到相应较高的相应的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测结杲屏幕上显示，E组和C组1个DEGs的体现级别性别差异不错，这当中9个为上浮DEGs，4个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的体现趋向与转录成分析结杲保持一致。

图3|核营养素组的参考值数据分析和实用功能印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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